刘裕灭司马一族是多因素综合作用的结果，主要可归纳为以下三点：

一、政治与历史使命

汉室正统的象征意义

刘裕作为汉高祖刘邦后裔，深感肩扛复汉使命。他出身寒门，深知“前朝正统”对新兴政权合法性的重要性。司马家族篡夺汉室江山的行为被视为对汉人文化的背叛，刘裕通过灭族手段清算历史账目，以彰显“恢复汉室”的正义性。

清除政治隐患

司马家族在东晋末年虽已式微，但仍保留一定政治影响力。其百年皇族余威和与士族阶层的深厚联系，可能成为未来复辟的潜在威胁。刘裕为彻底铲除反对势力，选择以极端手段断绝后患。

二、社会与民生考量

打击门阀特权

司马家族长期掌控朝政，导致“九品中正制”等选官制度被破坏，寒门子弟晋升渠道受阻。刘裕通过“土断”改革将土地归还平民，试图重塑以农立国的经济基础，而灭族是这一改革的重要配套措施。

缓解民生疾苦

东晋末年战乱频繁，百姓生活困苦。刘裕以“收复河山”为名，实则希望通过稳定政权改善民生。他深知“国之根本在于民”，通过消除威胁源来保障社会秩序。

三、个人与家族因素

权力欲望与心理补偿

刘裕出身寒门，深知权术斗争的残酷性。他通过灭族行为宣示“不畏强权”的决心，同时满足自身对权力绝对化的追求。这种极端手段也与其早年经历（如被桓玄篡位）形成的心理补偿机制有关。

家族与血统的焦虑

刘裕的家族曾为汉室建立功勋，但东晋时期已逐渐衰落。他可能因自身家族地位的相对弱势，产生对司马家族“篡权者”身份的强烈抵触情绪，从而驱使采取极端措施。

总结：

刘裕灭司马一族是政治野心、历史责任与民生诉求交织下的产物。这一行为既包含对汉室正统的维护，也体现了其强化中央集权、改革社会的现实考量，更反映了封建帝王在权力争夺中的残酷性。