当环保局对工厂进行检查时，工厂应当采取以下步骤来妥善处理：

立即停止生产

工厂应当立即停止所有生产活动，以避免在检查过程中产生新的污染或违规行为。

配合检查

工厂应当积极配合环保局的检查工作，提供必要的文件和资料，并如实回答检查人员的问题。

缴纳罚款

如果检查中发现违规行为，工厂可能需要缴纳罚款。根据违规的严重程度，罚款金额可能从5万元到100万元不等。

进行整改

工厂需要根据环保部门的要求进行整改，确保其生产活动符合国家的环保政策和法规。整改可能包括安装废气、废水处理设备，改进生产工艺，减少噪音和固废排放等。

委托专业公司

工厂可以委托有资质的环评公司进行环境影响评价，并根据环评报告的建议进行相应的环保设备升级和整改。

备案和申请

在缴纳罚款并进行整改后，工厂需要在环保局进行备案，并可能需要申请重新进行环评，以确保其环保措施符合最新的环保要求。

法律咨询

如果工厂对环保部门的处罚决定不服，可以寻求法律帮助，申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

持续监控和预防

工厂应当持续监控其环保措施的实施情况，确保其长期符合环保要求，防止未来的环保违规问题。

通过以上步骤，工厂可以有效地应对环保局的检查，减少潜在的罚款和法律责任，同时保护其长期的环境绩效和可持续发展。