当甲方发现施工质量问题时，应按照以下步骤进行处理：

立即报告：

对于已经发生的工程质量事故，甲方必须立即报告，确保处理过程安全可靠、切实可行、经济合理，不留隐患，并吸取教训，及时整改。同时，责任应明确并记录在案。

停止施工：

发现工程出现质量缺陷或事故后，现场监理人员应及时上报总监，并以“质量通知单”的形式通知施工单位，要求其停止有质量缺陷部位和与其有关联部位及下道工序的施工，必要时还应要求施工单位采取防护措施。

全面调查：

进行全面的调查，包括现场、设计等方面，以确定质量问题的原因。

分析原因：

在调查结果的基础上进行问题的分析，判断问题出现的原因。

制定处理方案：

根据问题的原因，制定事故处理方案，包括修补、加固、返工或限制使用等措施。

实施处理：

由项目总监指令承包单位按既定的处理方案实施对质量缺陷的处理，处理结果应重新进行验收。

追究责任：

对于必须采取应急或保护措施的质量事故，项目经理必须监督施工单位立即实施，防止事故进一步恶化，并随即迅速收集整理有关技术资料，为处置事故和责任追究提供依据。

记录与报告：

整个处理过程应详细记录，包括质量问题的发现、调查、分析、处理方案、实施情况以及最终验收结果，并报告给相关主管部门。

通过以上步骤，甲方可以有效地处理施工质量问题，确保工程质量符合合同要求，并维护自身的合法权益。