在《还珠格格》的剧情中，小燕子和永琪的结局是 终成眷属的，但具体过程较为复杂，包含以下关键情节：

婚姻背景

小燕子与永琪在第三部中正式结为夫妻，婚后生活成为剧情的重要部分。永琪因表现突出被封为荣亲王，但皇太后对小燕子的执政能力存疑，导致夫妻间出现矛盾。

婚姻波折

婚后不久，永琪因思念小燕子而下落不明，小燕子误以为永琪去世，后得知其被软禁，遂前往营救。两人经历波折后重逢，并决定共同离开皇宫。

结局走向

两人离开皇宫后，前往云南生活，最终过上了幸福的生活。剧中未明确提及生育子女的情节，但暗示两人婚姻生活美满。

总结：

小燕子和永琪最终克服了皇室压力和误会，走到了一起，并在剧情结尾过上了幸福的生活，符合“有情人终成眷属”的结局设定。