在《穿越西元3000后》的结局中，叶冰瑶最终选择了与葳斯基·卡列金共同回到未来。以下是相关细节的梳理：

时空穿越与危机

叶冰瑶在对抗红色精灵时芯片失控，导致时空力量膨胀形成隧道，她被传回现代。此时，葳斯基也通过隧道找到她，并与她度过了一段普通男女朋友时光。

共同回未来的决定

葳斯基需返回未来执行任务，叶冰瑶在经历生死考验后，决定与他一起回到未来。这一决定体现了两人之间深厚的感情基础。

后续发展

两人成功穿越回未来后，继续共同面对挑战，故事暗示了他们将携手面对未来可能出现的困难。

综上，叶冰瑶的最终选择是与葳斯基·卡列金共同开启未来生活，但需注意，该作品对后续具体情节的描述较为模糊，以上内容综合自漫画主线剧情。