“暗通款曲”和“暗通曲款”在现代汉语中是同一成语的不同写法，二者之间没有本质区别。具体分析如下：

核心含义一致

两个成语都指秘密沟通或私通行为，常用于形容男女之间隐秘交往，例如“他俩被拍到暗通款曲”。

词语结构差异

- “暗通款曲”是常见写法，出自汉代秦嘉《居县赠妻》诗：“欲远行，思念叙事，暗通款曲。”

- “暗通曲款”属于生造变体，在现代汉语中未被收录为规范写法，但部分网络语境中可见使用。

使用习惯与语境

- 正式写作和口语中均以“暗通款曲”为主流表达。

- 部分网络语境（如非正式讨论）可能使用“暗通曲款”，但需注意其非规范性。

相关成语扩展

该成语常与其他词语搭配使用，如“明目张胆”（公开行为与秘密行为的对比），“狗男女”（对私通者的贬义称呼）等。

综上，若需准确表达秘密沟通的含义，建议使用“暗通款曲”。