当女生在微信上对你说“祝你幸福”且强调“没有发现过”只是好友时，可能包含以下几种含义：

一、 友情祝福的常见场景

普通朋友间的礼貌表达

若双方仅为普通网友或好友关系，这句话可能只是出于礼貌的祝福，类似于“生日快乐”“一切顺利”等日常问候。

特定情境的关怀表达

当你近期经历困难或情绪波动时，她可能通过这种方式表达关心，希望你能够振作并找到幸福。

二、 隐含好感的信号

单向情感的委婉表达

若她对你有好感但未明确表白，可能通过此类话语试探你的反应，或暗示希望你注意她。

试探关系进展可能

她可能想了解你对她的感情倾向，通过祝福作为切入点观察你的回应。

三、 其他可能性

关系转变的暗示：

若此前有暧昧或追求行为，她可能以此作为分手的委婉说法。

避免直接表达：部分人会用祝福掩盖对关系的矛盾心理，尤其是当双方尚未明确彼此感受时。

建议

直接沟通确认：若想了解真实意图，可回复“你最近怎么样”或询问对方是否有什么特别含义。

观察行为细节：注意她是否在其他场合也用类似语言表达，或对你的生活表现出超出友情的关注。

最终需结合具体关系背景和互动细节综合判断，单次言论不足以定义整体关系性质。